Perguruan Panca Budi berdiri sejak tahun 1961, dan awalnya hanya ada satu jenjang yang dikelola Perguruan Panca Budi yaitu Sekolah Pertanian Menengah Atas (SPMA/SPP). Berdirinya Perguruan Panca Budi dilatar belakangi oleh kebutuhan murid-murid Ketua Yayasan Bapak Prof. DR. H. Kadirun Yahya yang secara rutin melaksanakan kegiatan keagamaan (Melaksanakan Zikrullah) di Kampus Panca Budi, sehingga timbul keinginan untuk menyekolahkan anak-anaknya di Perguruan Panca Budi.

Sejak awal berdiri tahun 1961 sampai dengan saat ini (2022), Perguruan Panca Budi telah berkembang dengan pesat sebagai lembaga pendidikan yang diperhitungkan di kota Medan. Perguruan Panca Budi saat ini mengelola pendidikan dasar dan menengah mulai dari unit sekolah PG/TK, SD, SMP, SMA dan SMK.

Bertolak dari sejarah berdirinya unit sekolah di Perguruan Panca Budi dimana tercatat SPMA/SPP berdiri pada tahun 1961, TK tahun 1967, SD tahun 1966, SMP tahun 1967, SMA tahun 1976 dengan jurusan IPA dan IPS, dan SMK tahun 1997 dengan SMK TI dengan jurusan Otomotif dan Elektronika dan SMK BM dengan jurusan Sekretaris dan Akuntansi.

Untuk menghadapi tantangan ke depan agar tetap terus maju dan berkembang maka Perguruan Panca Budi telah menetapkan Visinya sebagai berikut: “Terwujudnya lingkungan belajar yang kondusif serta lulusan yang berkarakter Islami dan berkompetensi global”.

Serta mengusung misi sebagai berikut:

1. Melaksanakan tata kelola yang berorientasi pada peningkatan mutu dan perbaikan berkelanjutan.
2. Mewujudkan tenaga pendidik dan tenaga kependidikan yang berakhlakul karimah, kompeten, adaptif, dan profesional.
3. Mempersiapkan lulusan yang berakhlakul karimah, mampu bersaing secara global, serta menjadi manfaat kepada masyarakat di sekitarnya.
4. Memfasilitasi pengembangan potensi anak melalui pemanfaatan teknologi dan sumber daya secara efektif, efisien, dan berkelanjutan.
5. Menanamkan dan mengimplementasikan 7 Nilai Dasar Yayasan dalam setiap aktivitas.

Dengan sejarah dan eksistensi Perguruan Panca Budi dari awal berdiri hingga saat ini yang tetap konsisten untuk membangun kualitas pendidikan sesuai dinamika zaman semakin menunjukkan bahwa Perguruan Panca Budi dapat bekerjasama bersama seluruh masyarakat pendidikan untuk melangkah bersama dalam membangun dunia pendidikan dalam upaya menghasilkan generasi masa depan yang berkarakter Islami dan berkompetensi global.